Quando cavaram até o alicerce rochoso, dinamitaram grandes poços para a estrutura de sustentação das torres e começaram a construir a estrutura da fundação para os edifícios. A estrutura base também tinha sete níveis de espaço utilizável, que abrigavam estacionamentos cobertos, lojas e estações de metrô.
Colocar as Torres Gêmeas em pé foi um grande desafio logístico e de engenharia. Os edifícios necessitavam uma quantidade maciça de aço, algo em torno de 200 mil toneladas no total, mas o local da construção tinha espaço apenas para um pouco de cada vez. Para manter a construção em andamento sem tomar muito espaço do local, a Autoridade Portuária teve de instituir um sistema de "entrega de aço expressa".
Neste sistema, todo o aço era transportado dos fabricantes para um gigante pátio ferroviário em Nova Jersey. Cada pedaço principal de aço recebia um número de identificação, indicando onde e quando seria usado. De acordo com a programação da construção, a Autoridade Portuária embarcaria as partes de aço do pátio para o local exato quando fosse preciso. As partes menores iam de caminhão e as partes maiores iam de rebocador.
O processo de construção acontecia de dentro para fora. Primeiro, a equipe construía a estrutura de aço da parte central até uma altura em particular, depois montavam as paredes do perímetro ao redor. A estrutura do perímetro era formada por seções pré-fabricadas de colunas verticais anexadas às vigas horizontais (chamadas de tímpanos). As seções pré-fabricadas tinham cerca de 3 metros de extensão, cerca de dois ou três andares de altura, e pesavam cerca de 22 toneladas.
A estrutura do andar era instalada entre as paredes externas do perímetro e a parte central. Os andares também eram seções pré-montadas, consistindo em suportes de 81 cm cobertos com superfície de metal. Para terminar cada andar, a equipe despejava concreto por toda a superfície de metal cobrindo com tijolos. As seções dos andares incluíam dutos pré-montados para linhas telefônicas e cabeamento elétrico, para facilitar as coisas para os eletricistas que logo começariam. Depois que estrutura de aço estava no lugar, a equipe anexava a parte externa ao perímetro - alumínio anodizado, pré-cortado em grandes painéis.
Isto continuava, seção após seção, enquanto as torres ficavam cada vez maiores. A equipe levantava seções de aço no local usando quatro grandes guindastes (quatro por torre), montados em longas estruturas de aço encaixadas dentro da estrutura do tubo. Na verdade os guindastes podiam se deslocar para mais alto, usando força hidráulica, à medida em que os andares eram terminados.
Enquanto a equipe continuava construindo, outros trabalhadores começaram a revestir os andares abaixo, instalando venezianas e pintando as paredes. Uma grande quantia de negócios realmente acontecia dentro dos novos escritórios do WTC anos antes de as torres serem oficialmente abertas.