Uma outra função

Ainda que os ninjas de Iga e Koga fossem espiões mercenários, em outras regiões do Japão eles desempenhavam outras funções. Muitos daimyos tinham grupos de elite ninja que o serviam com a mesma lealdade de qualquer samurai. Eles agiam como espiões, guias ou grupos de comando que empreendiam ataques guerrilheiros aos castelos e acampamentos inimigos. Quando um exército batia em retirada do campo de batalha, os ninjas com armas de fogo ficavam escondidos para atacar os soldados inimigos que estavam por vir.

Os ninjas eram, sobretudo, úteis quando um castelo estava sitiado. Nessas circunstâncias, eles costumavam ser as únicas pessoas capazes de sair sorrateiramente do castelo. Certa vez, um ninja saiu do castelo à noite, entrou no acampamento inimigo e roubou sua bandeira. Na manhã seguinte ao acordar, o exército inimigo viu sua bandeira desfraldada ironicamente na parede do castelo. A vitória moral conquistada pela humilhação dos inimigos desta forma era importantíssima para os residentes de um castelo há muito sitiado.

Lenda
Apesar das precauções tomadas para se protegerem das táticas dos ninjas, esses guerreiros ainda levaram à morte muitos daimyos. Há uma lenda sobre um ninja que se escondeu no fosso, sob a latrina do inimigo. Quando o daimyo chegou para usar o banheiro, o ninja o atingiu com a espada de baixo para cima. Contudo, essa história provavelmente não é verdadeira. Registros históricos mostram que o daimyo dessa lenda provavelmente morreu de derrame ou aneurisma cerebral.
Uma das funções fundamentais do ninja, e a que os torna mais conhecidos e temidos, é a de assassino. Os daimyos do Japão feudal temiam tanto ser assassinados pelos ninjas que passavam grande parte do tempo em "fontes secretas", locais de lazer ocultos construídos ao redor de fontes naturais, longe de seu castelo.

Dentro do castelo, um daimyo costumava chegar a extremos para se proteger dos ninjas. Em Kyoto, o castelo Nijo tinha "assoalhos de rouxinol". Esses assoalhos de madeira cuidadosamente criados eram contrabalançados de forma que qualquer um que neles pisasse produziria um chiado. Alguns daimyo até mantinham guardas no mesmo cômodo com eles o tempo todo, mesmo quando estavam dormindo. A família Tokugawa exigia que todos na casa usassem calças com pernas largas que se arrastavam no piso, impossibilitando o caminhar silencioso.

Durante o período Tokugawa (ou Edo), as guerras civis do Japão foram interrompidas pelos controles estritos do shogun Tokugawa. A paz forçou muitas pessoas na sociedade japonesa, entre elas os ninjas, a encontrarem outras funções. Eles foram muito úteis ao Tokugawa, agindo como espiões e guarda-costas no cumprimento das leis que permitiam ao shogun manter o controle dos clãs.